La Scuola, su proposta del Consiglio Didattico approvata dal Consiglio Direttivo, può attivare anche Corsi di Dottorato, sia in collaborazione con i corsi di Dottorato di ricerca attivati presso la Scuola di Dottorato d’Ateneo, sia sotto forma di un Dottorato interdisciplinare autonomo. In questo caso l’accesso degli allievi avviene al primo anno del corso di Dottorato ed il numero degli ammessi e le modalità di selezione sono determinati di volta in volta dal Consiglio Direttivo della Scuola ISUFI, su proposta del Consiglio Didattico (Art. 6 del Regolamento Didattico).
A partire dall’anno 2017, è stato attivato anche un Corso di III Livello ISUFI che consiste in un percorso di alta formazione dottorale integrativo dei Corsi di Dottorato attivati dall’Ateneo, concepito per una selezione dei dottorandi dell’Università del Salento operanti in settori strategici di interesse per la Scuola.